制藥行業的產品由于涉及到人的健康，所以對信息管理軟件系統的要求更高更嚴格。首先生產的產品本身要獲得國家醫藥管理機構的認證和批準；其次要求對生產物流全過程都要有詳細的跟蹤記錄和質量管理認證。第三，生產和管理過程要符合《藥品生產管理規范》（GMP）要求。對于參與國際競爭的企業來說，還要結合世界衛生組織（WHO）發布的《WHO藥品生產質量管理規范》《WHO關于實施國際貿易中藥品質量保證制度的指導原則》《WHO關于對藥品生產企業檢查的暫行指導原則》，同時也要考慮到進口國的具體生產管理規范。制藥行業是以配方為基礎的行業，產品是通常用固定的生產線生產出來的,生產線按工藝過程可以分為若干個工序,每個工序涉及到生產配方和承擔生產任務的不同部門。制藥中物料的變動性強，工藝流程的制約變量多，造成了其在管理上與其它行業的顯著差異，其主要的特點如下：
GMP認證和規范化管理
在我國加入WTO之后，國際跨國制藥企業大舉進入中國，為了與國際接軌，我國參照發達國家以GMP為藥品生產和質量管理基本準則的國際慣例，制定了自己GMP，并對制藥企業實施GMP認證制度。
藥品GMP認證對企業生產藥品所需要的原材料、廠房、設備、衛生和人員的培訓等均提出了明確的要求，是確保產品質量的穩定性和可靠性，減少藥品生產過剩中的污染和交叉污染的最重要的措施,GMP是加強藥品生產管理、保證藥品質量的科學制度，是世界各國普遍采用的先進管理方式和國際上評價藥品質量管理的一項基本內容。
醫藥市場的競爭越來越趨于國際化，對于目前中國尚未成熟的制藥企業，面臨著嚴峻的生存和發展的局面，如果想在競爭中不被淘汰，規范化的管理勢在必行。如何滿足GMP管理的要求，對沒有通過的企業來說，如何盡快的通過GMP認證，實現競爭力的全方位提升和管理水平的實質性發展，都是企業面臨的重大課題。
復雜的原料管理
制藥行業的生產屬于連續型、成批生產類型，生產成本中占比例的原材料，原材料通常占產品成本的70%-80%,人工費用約占2%-5%，原材料種類繁多，對存儲的環境和存儲的期限都有嚴格的要求，因此實現對原料、半成品、產成品的多倉庫，多庫位的倉儲管理，保證對每批原料或產品的獨立儲存和追蹤，對于降低成本有重要意義。
嚴格的流程控制
變動性是制藥行業的一大特點，而通過變化的原料批次和工藝流程來生產品質一致的產品成為企業的挑戰。從生產計劃到物料需求計劃，到原料和產品出入庫的嚴格的質量檢驗，再到生產設備的維修檢測，使不同的工序部門能夠協調一致地高效的運轉是系統的目標。
嚴密的技術質量管理制藥行業對健康、安全、環境有著特殊的要求，因此在管理上與其它制造業相比，更加嚴謹和精細。由于品種多、更新速度快，產品的質量和性能尤為重要，需要保證技術檔案的不同版本的及時、準確的更新和維護。配方型制造業與離散制造業的BOM含義不同,不但代表著成分比率,還代表著企業的生產水平,因為配方的另一個含義使單位生產產品成本組成表，因此配方的管理要求很高。從原材料采購到產成品完工入庫的整個過程的不同環節都需要進行跟蹤檢驗，以確保原材料和產品的符合質量標準和技術要求。
動態、持續的批次管理
由于制藥行業的對產品質量的嚴格要求，需要提供對整個供應鏈（采購，銷售和倉儲物流等各個環節）上的日期追蹤和批次追蹤管理。企業需要及時掌握各原料、輔料及包裝材料的儲存期以及有效日期，及時確定貨物的可用性，并保證在出現質量問題的時候能夠對物資進行精確的定位，及時排除問題，將可能的損失和潛在的危害降到最小。
以大科技企業生產管理系統廣泛適用于食品、服裝、保健品、電子、貿易、物資、化妝品、電器等工業、商業、貿易等各領域的企業、個商、個人，提供生產數據管理、生產任務管理、生產任務變更、生產計劃用料、生產領料、生產跟蹤、生產投入產出、生產任務匯總等生產業務流程管理。它是企業生產過程管理的綜合信息系統，幫助企業生產計劃部門、生產作業部門、物流部門對生產過程的物流、信息流進行有效的管理和控制。